Въпреки че Джон Джоунс многократно се озовавал в центъра на допинг скандали, дори неговата победа във втория му двубой срещу Даниъл Кормие беше анулирана, заради положителна допинг-проба, бившият шампион на UFC в две категории твърди, че винаги е бил чист спортист.
„Никога не съм употребявал забранени стимуланти. В организма ми беше открито вещество, което се е намирало в хранителна добавка. Доказано беше, че е в продукта на компанията, чиито добавки използвах. Беше замърсена добавка. Количеството на това вещество в организма ми беше толкова малко, че можеше да бъде открито само чрез много скъпи научни изследвания. А веществото, открито в организма ми, няма никакъв ефект за повишаване на ефективността – абсолютно никакъв. Потвърдено е.
Но по някаква причина феновете игнорират всички доказателства и казват: ‘Представянето му се дължи на забранените стимуланти, така че съм виновен.’ Никога не съм ги употребявал и това е доказано. Забавно е как хората казват: ‘Джон Джоунс е безотговорен човек, но е такъв гений, че е успял да употреби забранени стимуланти и да заблуди учените от UFC.’ И така, кое е вярно? Безотговорен човек ли съм или луд гений, който някак си успя да прикрие, че употребява забранени стимуланти,“ каза Джоунс.
През 2016 г. Джон Джоунс трябваше да проведе обединителен двубой Даниъл Кормие, но беше отстранен от UFC 200 след положителна допинг-проба за естрогенните блокери кломифен и летрозол. Лишен от временната си титла в лека тежка категория (до 93 кг), Джоунс сезира арбитражен съд и беше наказан за една година, след като трима независими арбитри установиха, че степента на вина на боеца е ‘близо до максималната’, въпреки че не бяха доказани умишлени действия от негова страна. Самият Джон Джоунс отдаде инцидента на употребата на лекарството за еректилна дисфункция Сиалис, а лабораторните тестове потвърдиха наличието на кломифен и летрозол, които бяха открити в организмът му.
След като изтърпя наказанието си, Джон Джоунс нокаутира Даниъл Кормие през 2017 г. и си възвърна шампионската титла на UFC в лека тежка категория, но скоро беше лишен от титлата, след като в организмът му беше открит анаболният стероид Туринабол.
През 2018 г. лигата беше принудена да пренасрочи двубоя между Джон Джоунс и Александър Густафсон от Лас Вегас в Лос Анджелис, след като Туринабол отново беше открит в организма на Джоунс, което накара Атлетическата комисия на щата Невада да му откаже лиценз. Атлетическата комисия на щата Калифорния обаче не беше толкова решителна и санкционира двубоя, обявявайки забраненото вещество за ‘пулсиращи метаболити’ на туринабол, вещество, за което Джоунс вече беше тестван, след като изтърпя петнадесет месечно наказание.
През януари 2019 г. Джон Джоунс даде още две положителни допинг-проби, проведени от Доброволната антидопингова агенция (VADA) в сътрудничество с Атлетическата комисия на щата Калифорния, но не беше наказан, тъй като положителни проби отново бяха приписани на ‘пулсиращи метаболити’ на туринабол.
